X 光自由電子雷射可以捕捉到酵素修復DNA的動態過程。
一瞬之光 XFEL 顯微術:人類首次捕捉酵素修復 DNA 損傷的動態過程!
日本 XFEL 設施 SACLA 的空拍圖,其直線加速器長達 700 公尺。 圖|SCIENCE CHANNEL(JST)YouTube
論文第一作者 Manuel Maestre-Reyna 博士,他旁邊的複雜設備是瑞士 XFEL 實驗站(SwissFEL Experimental Hutch),這台機器可以收集與輸出樣品的繞射資料。 圖|Dr. Manuel Maestre-Reyna 提供
全世界只有六個地方有 XFEL 設施,包含美國、日本、德國、韓國、瑞士,而中國正在興建中。蔡明道與 Dr. Maestre-Reyna 遠赴日本和瑞士 XFEL 設施,與當地科學團隊合作完成實驗。 圖|研之有物(資料來源|蔡明道、SLAC國家加速器實驗室 YouTube)
上方示意圖表示 DNA 光解酶的活性位點與 DNA 損傷結構 CPD 結合,過程中酵素如何修復打結的 DNA?蔡明道與國際團隊運用 XFEL 與酵素生物學解密。 圖|研之有物(資料來源|Science)
XFEL CCD 探測器的高速寬頻介面。專業記者用相機拍攝奧運 100 公尺短跑選手時,需要使用存取速度很快的記憶卡和傳輸介面;同理,科學家用 XFEL 捕捉生物分子的動態結構時,資料會在「飛秒」之間從儀器轉移到電腦上,故需要高速的寬頻介面。 圖|Dr. Manuel Maestre-Reyna 提供
實驗操作時,會先打出第一道光(Pump laser)啟動酵素,讓酵素開始進行修復;經過一個瞬間(t1),再打出主角 XFEL,產生繞射圖案並分析結構。然後換下一個修復時間點(t2, …),再重複上述整個過程,以此類推,就可以觀察每個時間序列的結構變化,捕捉微晶體內的 DNA 修復過程。另外,XFEL 的繞射圖案上,每個方格就是一塊 CCD 偵測器,很多塊 CCD 拼在一起,就能完整呈現繞射資訊。 圖|研之有物(資料來源|蔡明道)
準備中的日本 SACLA XFEL 實驗站。Maestre-Reyna 博士說明,內部設有紅光 LED,因為光解酵素是用藍光啟動修復功能,所以樣品製備和數據收集都必須在沒有藍光情況下進行。樣品室充滿氦氣,一方面是避免氧氣散射 XFEL,同時缺氧環境也是 DNA 修復的充分條件。其中:子彈狀物件是 XFEL 射出口(方向由左到右);右側圓桶狀內部充滿 CCD 探測器和高頻寬的傳輸介面;塑膠管線是樣品輸送系統,採用定溫定速的水流將樣品送至 XFEL 前方。 圖|Dr. Manuel Maestre-Reyna 提供
研究人員正在製備樣品(載玻片上的白色堆積物),裡面主要成份是水(60%)以及微晶體(含 DNA 光解酶、受損的人造 DNA)。Maestre-Reyna 博士說明,樣品的質地類似水凝膠或果凍,需要用水輸送,避免乾掉。另一方面,XFEL 有機率同時打到兩個微晶體,控制微晶體在樣品中的濃度,可增加可用數據。 圖|Dr. Manuel Maestre-Reyna 提供
XFEL 解密酵素修復 DNA 的完整過程,分為三個階段:第一階段是修復 DNA,第二階段為酵素活化位置恢復,第三階段為 DNA 回復原本形狀、酵素脫離。(圖片可點擊放大) 圖|研之有物(資料來源|Science)
蔡明道認為,要做出好的研究,一定要先有「重要的問題」。而為了回答重要的問題,就不會滿足現狀,會持續追求更新更好的方法。 圖|研之有物
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